《中共中央国务院关于加强和改进新形势下工商联工作的意见》明确提出，工商联工作的指导思想是，高举中国特色社会主义伟大旗帜，以邓小平理论和“三个代表”重要思想为指导，深入贯彻落实科学发展观，坚持中国共产党领导，坚持我国社会主义初级阶段基本经济制度，坚持团结、服务、引导、教育的方针，全面加强思想、组织、作风、制度建设，不断增强凝聚力、影响力、执行力，把工商联建设成为政治坚定、特色鲜明、机制健全、服务高效、作风优良的人民团体和商会组织，促进非公有制经济健康发展和非公有制经济人士健康成长，为全面建设小康社会、坚持和发展中国特色社会主义、实现中华民族伟大复兴贡献力量。这一指导思想既体现了工商联工作的历史传承、时代特征，也为当前和今后一个时期的工商联工作提出了明确要求，指明了正确方向。
高举中国特色社会主义伟大旗帜，是我们党对改革开放实践经验的深刻总结，它是当代中国发展进步的旗帜，是全党全国各族人民团结奋斗的旗帜。新形势下的工商联工作，就是要高举中国特色社会主义伟大旗帜，教育引导广大非公有制企业和非公有制经济人士，坚持中国特色社会主义道路和中国特色社会主义理论体系。
以邓小平理论和“三个代表”重要思想为指导，是工商联把握正确政治方向的内在要求，是团结广大非公有制经济人士坚持走中国特色社会主义发展道路的根本保证。邓小平理论和“三个代表”重要思想是新时期全党全国各族人民团结奋斗的思想理论基础。各级工商联组织要深刻认识邓小平理论和“三个代表”重要思想，完整准确地领会科学理论的基本精神，全面把握其精神实质；要运用科学的世界观和方法论武装思想，培养和增强战略眼光和理性思维，提高驾驭复杂局面的水平和应对各种风险的能力；要运用发展的科学理论指导实践，推动工商联事业始终沿着正确的方向健康发展。
深入贯彻落实科学发展观，必须深化对科学发展观科学内涵、精神实质和根本要求的认识，坚持发展这个第一要义，大力促进非公有制经济健康发展；坚持以人为本这个核心，积极引导非公有制经济人士健康成长；坚持全面、联系和发展的观点，正确认识和发挥工商联统战性、经济性、民间性相统一的独特优势，确保工商联工作的方向和组织的鲜明特色；按照全面协调可持续的基本要求，促进工商联事业全面协调可持续发展。
坚持中国共产党领导，是各级工商联组织必须始终坚持的基本原则，其核心是坚持党对工商联的政治领导、思想领导和组织领导，在工作中要充分发挥工商联党组的领导核心作用，认真贯彻落实党的理论和路线方针政策。
坚持我国社会主义初级阶段基本经济制度，就是要毫不动摇地巩固和发展公有制经济，毫不动摇地鼓励、支持、引导非公有制经济发展。各级工商联组织要在坚持两个“毫不动摇”的前提下，围绕促进“两个健康”，努力为形成各种所有制经济平等竞争、相互促进新格局多作贡献。
坚持团结、服务、引导、教育的方针，就是要把广大非公有制经济人士紧密地团结在党的周围，坚定不移走中国特色社会主义道路，凝聚起建设中国特色社会主义的广泛力量；提供信息、金融、人才等支持，反映利益诉求，维护合法权益，帮助解决实际困难，推动企业实现科学发展；引导非公有制经济人士自觉贯彻执行党的方针政策，践行社会主义核心价值体系，有序参与政治生活和社会事务，积极履行社会责任；对非公有制经济人士进行理想信念、思想道德、法律法规、基本国情、现代经营管理等教育，不断提高他们的综合素质，做到爱国、敬业、诚信、守法、贡献。把握工商联工作方针要立足增进团结，一手抓服务支持，一手抓引导教育。
把工商联建设成为政治坚定、特色鲜明、机制健全、服务高效、作风优良的人民团体和商会组织，这是党中央、国务院对工商联提出的新的更高要求。实现这个目标，必须坚持以思想建设为核心，以组织建设为基础，以非公有制经济代表人士队伍建设为重点，以制度建设和作风建设为保障，全面加强自身建设，不断提高凝聚力、影响力、执行力。
促进非公有制经济健康发展和非公有制经济人士健康成长，为全面建设小康社会、坚持和发展中国特色社会主义、实现中华民族伟大复兴贡献力量，这是党赋予工商联的重大历史使命。工商联是党和政府联系非公有制经济人士的桥梁纽带，是政府管理和服务非公有制经济的助手，在促进“两个健康”中具有不可替代的作用，必须把促进“两个健康”作为一切工作的出发点和落脚点，把非公有制经济人士思想政治工作作为贯穿工商联工作始终的生命线，努力促进“两个健康”全面、协调、可持续发展，坚定不移地走中国特色社会主义道路，为全面建设小康社会多作贡献，为实现中华民族伟大复兴贡献力量。
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