南水北调3条调水线路中，东线与京杭大运河有着不可分割的联系——在山东济宁以南的调水线路都利用大运河作为调水河道，济宁以北的调水线路也尽量结合大运河或恢复大运河。
根据《南水北调工程总体规划》，东线一期工程的供水目标是解决城市生活、环境、工业和农业用水，与沿线各地生产生活密切相关的用水需求，决定了通水前必须下大力气实施环保和治污。
在这个时间点谈论治污，有着特别的现实意义。
一是南水北调东线一期工程今年下半年全线通水，输水河道京杭大运河途经的山东、江苏、浙江等省份，是我国经济密度与人口密度最大的地区之一，长期积累的生产生活污染必须得到综合治理，惟其如此，以缓解我国北方水资源短缺为目的的南水北调工程，其建设才有意义；
二是我国正在处于经济结构战略性调整与产业转型升级的关键期，江苏、浙江、山东这3个东部经济发达省份，如何以经济结构调整为抓手，开展河道治污，有着重大意义和深远影响。这一过程中，不仅要关停污染企业，取消排放特权，清理关闭输水干线排污口，还应着眼于产业的转型和可持续发展。
三是目前在南水北调工程调水所涉及的一些地区，企业的个体排污行为仍未杜绝，环境事件仍有发生。两高出台司法解释，降低了环境污染犯罪的入罪门槛，新增了污染环境罪的入罪标准，为从严治理环境污染提供了法理依据。这也要求，对于运河流域的污染治理，要从全域的高度出发，上下游“一盘棋”，重拳出击、严格执法。（喻剑）
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