依托黄金水道推动长江经济带发展，本质是以水为媒，发挥长江航运的低成本、运量大、耗能少的优势。然而，尽管长江已成全世界繁忙的内河航道，仍面临上游不通、中游不畅、桥坝隔江等关卡。而“九龙治江”的体制积弊更形成难以捉摸的隐形障碍，制约着长江黄金水道潜力发挥。
“万里长江，险在荆江。”长江中游的荆江河段历来以河道“九曲回肠”、沙洲变幻莫测著称，是长江航道整治的重点和难点。去年底，总投资约43.3亿元的长江荆江河段航道整治工程全面完工，荆江航道枯水期最小维护水深从3.2米提到了3.5米以上，可满足万吨级船队和3000吨级货船双向通航。
然而，长江航道整治仍面临三大瓶颈——
瓶颈一：上下仍存在两个关卡。荆江河段位于湖北枝城至湖南城陵矶之间，目前整治的是昌门溪到至熊家洲段，枝江至昌门溪在整治，熊家洲至城陵矶段迟迟未动。两头不畅，荆江“中梗阻”就难以解决。
瓶颈二：上游四川宜宾至云南水富航道不畅，目前只能航行一些小机驳船，亟须开展三级航道整治工程，让千吨级船舶尽快通达，打通西部通江达海的通道。
瓶颈三：支流航道等级低，干支联运效应弱。美国、欧洲等西方发达地区并不一味提高航道水深，而注重干支衔接、江海直达的高等级水系航道网络建设。但长江支流河道宽浅散乱、洲滩密布、河床冲淤变化大、航路多变且极不稳定，目前只能通行500吨级的船舶，与发展需求极不相称。
除了航道本身的瓶颈，三峡大坝对长江航道的“封锁”更让人一筹莫展。如何冲破这些“腰斩”长江的人工关隘，历来是黄金水道建设中争论的焦点。
长江三峡通航管理局发布的数据显示，2015年三峡船闸客货通过量达1.196亿吨，与2014年相比增加30万吨，再创历史新高。平均每天有近300艘船舶等待过闸，平均待闸时间60小时左右。
一边是通过量屡创新高，一边是三峡船闸的通行能力提前19年达到双向1亿吨的设计能力。由于三峡船闸待闸时间延长，船舶运输周期随之延长，水运优势下降明显，已对西南地区生产生活造成了不利影响，如重庆的航空燃油屡屡告急。
三峡大坝斩断长江上中游航道，南京长江大桥等一系列桥梁又锁住中、下游通道。前些年，长江大桥“炸桥”之争不绝于耳。
2006年1月上旬，长江黄金水道开发主题报告会在上海举行，长江沿岸城市20多位副市长共聚一堂。长江上游一名官员就放了一炮：“长江上现有的桥梁是重庆发展的瓶颈，导致大型货轮‘上不去下不来’，长江上有些老桥要改造，个别老桥要炸掉。”
虽然没有指明，但与会者明白，所谓“老桥”，一是1957年建造的武汉长江大桥，二是1968年建成的南京长江大桥，这两座桥净高都是24米。
对此，长江下游官员提出了异议，“一来南京长江大桥是座公路、铁路两用桥，不能因为长江黄金水道的畅通而切断南北铁路大动脉。二来，在南京长江大桥上游还有十几座净高24米的长江大桥，如果要炸南京长江大桥，那就要从下往上一座座炸。”争论过后，一切照旧。
据统计，1995年后的10年，长江上新建大桥以平均每年3座的速度增加，长江已成为世界桥梁建设工程最密集的河流。至2020年，跨越长江的桥梁和隧道将达124座。在2800多公里的通航干流上，平均20多公里就有一座跨江建筑。长江中上游大量出口货物选择公路、铁路运输而舍弃长江水运，制约了长江中上游运能的发挥。
航道卡口、大坝、桥梁等瓶颈通过加大投入、加快技术攻关可逐步突破，关隘背后的“隐形关卡”更让人头疼。
投入单一化。内河航道建设主要靠中央财政投入，各地等靠要思想普遍，资金严重不足，需探索多元化投入方式。以荆江航道整治为例，几十年来各地等待中央资金投入，一直没有整治。昌门溪到枝江段迟迟没动，就是谁掏钱的问题没形成共识。
管理分割化。长江交通运输管理分割，大多是部门、地方利益主导。航道整治缺乏合力，荆江上下游关卡难除；桥坝瓶颈如何破除，都以站在各自角度各说各话。港口下放到地方之后，长江港口建设一哄而起，贪大求全、重复建设突出，如九江地区152公里的岸线，就有150多家港口。
多式联运水平低。长江货运吞吐量虽连年增长，但其52.5％的通航里程并未充分高效利用，通江达海的资源配置、集疏运网络还十分薄弱，尤其以沿江港口为节点枢纽，水、铁、公、空、管等五大运输方式分割独立、布局分散、标准各异、结构不一，缺乏对接与联运能力。
这么多年来，围绕长江经济带南北向交通较发达，东西向交通滞后，要强化长江沿线交通设施建设一体化发展。以长江黄金水道为主轴，保证长江干线航道畅通高效，进一步完善沿江高速铁路、高速公路、机场港口建设与互联互通，才能加强与京广、京九等纵向通道的衔接，促进区域经济一体化。
