以药补医是在新医改以前医院存在的弊端，就是医生在治病的过程中挣到自己的工资，开的药越多、越贵收入就越高(卖的药越多提成就越多)，所以就造成了医生为了挣到更多的工资不顾病人的承受能力加价加药，从而就产生了看病难、看病贵的问题。
“以药补医”的政策是上世纪五十年代在国家财力不足、对公立医院补助有限的情况下制定的。这项政策在历史上对于保障公立医院的运行和发展起到了积极作用。但从目前的情况看，产生了一些新的问题，由于监管制度缺陷和公共财政投入严重不足，公立医院收取药品加成这一“以药补医”做法，助长了医院趋利倾向，导致公立医疗机构的运行和发展严重依赖药品收入，开大处方、多用药、用贵药现象的发生，加重了人民群众看病就医的费用负担。
全国卫生工作会于2012年1月5日在北京召开，卫生部部长陈竺表示，“十二五”医改需要突破八个关键问题，取消“以药补医”是其中之一。此外，要使医患关系在“十二五”期间有根本好转。陈竺表示，为了卫生队伍的长远建设，这个机制早晚要改。他要求各地卫生行政部门充分发挥医保补偿作用，稳步推进价格改革，争取“十二五”期间在全系统稳妥有序地革除以药补医弊端。2011年300个试点县先行推开，力争2013年在县级医院普遍推行，2015年在所有公立医院全面推开。“十二五”期间要突破的关键问题还包括全面推进支付制度改革、巩固完善基层医疗卫生机构运行新机制、全面建立信息公开制度、全面推进药品集中采购等。
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